自動バックアップではバックアップ間隔（月、週、日）、実行時間を指定して自動でバックアップを取ることが出来ます。
実行回数が多ければ、その分、容量も食いますし、実行中はホームページの表示処理にも影響しますのでサーバーの容量に合わせた適度な間隔、閲覧時間の少ない夜中の時間などに設定しましょう。

1.General（一般）設定

ダッシュボード「BackWPUp」→「Add new job」をクリックし「General」タブを選択します。

任意のわかりやすいのジョブ名を入力し「File Backup」にチェックを入れます。

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「Archive name」は出力されるバックアップファイル名です、ここは初期値のままで良いでしょう。
「Archive Format」はファイル形式です、WindowsユーザーはZip、マックユーザーはTar GZipを選択したほうが最適です。

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バックアップ先は「Backup to Folder」を指定し、「Log File」の欄は初期値のままです。

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2.スケジュール設定

「スケジュール」タブを選択し、「Start job」とバックアップ間隔を指定します。
「Start job」の「with WordPress cron」がスケジューラから起動することを意味します。
cronはlinuxのスケジューラ機能ですが、BackWPUpではWordPress内での疑似的なcronを使用します。

疑似的なcron（スケジューラ）のため設定した時間通りに動くとは限りませんが、神経質になることもないでしょう。
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3.バックアップするファイルの設定

ここは初期値のままでＯＫです。表示されているディレクトリが保存対象先になります。
「Exclude」は除外です、除外したい項目にチェックを入れます。

更新して設定完了です。